Le più importanti tra le indagini di Dalton sono quelle interessate alla teoria atomica in chimica, alla quale il suo nome è indissolubilmente legato.
Uno studio riguardante i quaderni di laboratorio di Dalton, rinvenuti nelle stanze del Lit & Phil, ha concluso che Dalton nella sua ricerca di una spiegazione della legge delle proporzioni multiple sia giunto all'idea che la combinazione chimica consistesse nell'interazione di atomi dotati di un proprio peso definito.
L'idea degli atomi nacque nella sua mente come un concetto puramente fisico, spinta su di lui dallo studio delle proprietà fisiche dell'atmosfera e di altri gas. Le prime indicazioni pubblicate di questa idea si trovano alla fine del suo scritto sull'assorbimento dei gas datato 21 ottobre 1803, anche se non pubblicato fino al 1805.
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